Im Mittelpunkt dieser Behandlung steht das Nervensystem. Da man davon ausgehen kann, dass das Nervensystem an allen Steuerungsvorgängen des menschlichen Körpers beteiligt ist, liegt es auf der Hand das Nervensystem genau zu untersuchen.

Die Neurofunktionelle Integration greift dabei auf bewährte neurologische Untersuchungstechniken zurück, mit denen die Funktion der peripheren Nerven und des zentralen Nervensystems untersucht werden. Diese werden durch spezielle neurologische Untersuchungstechniken ergänzt, die darauf abzielen, die Interaktion und die Funktionsmuster der Körpersysteme zu testen. Das bedeutet, dass die Funktion der Muskulatur auch in bestimmten Funktionsmustern, wie dem Gehen, getestet wird. Dabei wird z. B. auch der Einfluss der Augen und des Gleichgewichtssystems auf die Bewegung berücksichtigt. Ähnlich verhält es sich mit den Körpersystemen, die durch das vegetative Nervensystem gesteuert werden.